崔仙蔚和曹熙植發現權世河身上會發出異於常人的電磁波，猜到神祕女身上同樣會有這種現象，故意放金成祿和權世河出去，好引神祕女現身。但金成祿卻在逃亡過程中，伺機殺害了權世河，自己也隨即喪命。
原來神祕女早告訴過權世河，她早已重新來過幾十次，但每次為了讓神祕女出生，都被迫犧牲了權世河，讓權世河一時之間，有些難以接受。現在有人利用時光回朔，讓時間重回權世河在追捕金成祿那一刻，讓鄭清晨也加入追捕行列，但最後權世河還是不幸為了救鄭清晨而身亡，金成祿同樣被殺。神祕女有意改變此事，遭一名神祕男阻止。崔仙蔚等人雖發現了神祕女，卻根本來不及抓人。
此時金賽夏早已改回本名權世河，這天他帶鄭清晨回家，被母親瞧見，誤以為兩人關係匪淺。但其實權世河是將回到1997年所見所聞告訴鄭清晨，知道若清潔工李章赫沒死，神祕女就會消失，加上神祕女從1997年就跟著本名李始源的金成祿，猜到兩人必定有血緣關係。
兩人也猜到神祕女是故意被抓，好讓權世河有機會回到過去了解真相。隔天，鄭清晨去國科搜找熟人幫忙查神祕女和金成祿是否有血緣關係時，崔仙蔚則跑去金成祿待過的育幼院查探，知道鄭清晨對金成祿的過去瞭若指掌，懷疑是權世河洩密。
金賽夏為了救清潔工李章赫，反倒誤殺了父親，又傷了李章赫養子李始源的眼睛，大為沮喪。金賽夏發現神祕女根本無意殺害母親金敏善，知道誤會了神祕女。神祕女警告金賽夏別改變任何事情，以免毀了一切。
於是金賽夏幫神秘女攔住清潔工父子離去，任憑本名李始源的金成祿目睹父親死亡，接著要神秘女放過韓魏韓後，便回到2000年去安慰小時候的自己，並送精神科的資料給母親，希望母親去就醫。
金賽夏在韓魏韓的協助下，和鄭清晨一同順利來到實驗室，脅持曹熙植局長逼對方下令開門，讓金賽夏得以和神祕女談話。宋語真見狀，也出面幫金賽夏迷昏局長。金賽夏從神祕女口中，得知母親已死，便強行拿走穿越時空的儀器，回到過去，企圖拯救所有人性命。
只是當金賽夏回到1997年時，立刻被年輕的韓魏韓誤認為權科長，顯然他長得和當博士的父親幾乎一模一樣。金賽夏目睹神祕女迷昏了父親權秀根博士，誤殺了清潔工李章赫後，開始利用電腦寫起程式。
在清潔婦的呼救下，一群人趕來地下室救援，親眼目睹鄭清晨逮捕金成祿。只是當鄭清晨試圖從金成祿口中，問出神秘女下落時，金成祿卻說自己什麼都不知道，反倒是一旁的清潔婦認出那名神秘女。
原來那名神秘女經常在車站附近洗手間進行梳洗，顯見早已在車站出沒許久。鄭清晨讓同事們帶走金成祿，自己繼續尋找神秘女下落。此時，金賽夏等人也在尋找神祕女，大家在金賽夏建議下，在管理局布下陷阱，等著疑似外星人的神秘女現身。
鄭清晨回家見到弟弟光顧著打電動，一副什麼都不在乎的模樣就生氣，罵了弟弟一頓。弟弟不知道鄭清晨正為了可能沒工作的事情而煩惱，完全沒打算理姐姐。鄭清晨回房和金賽夏講電話，討論著該怎麼抓金成祿和神秘女。鄭清晨認為神祕女可能因時間旅行的關係，導致身體出了狀況。弟弟聽見姐姐和人講電話，還以為姐姐有了新男友，絲毫沒發現真相。
這天，崔仙蔚聽見部屬們嫌現在的做事方法沒效率，要大家想解決之道。當崔仙蔚聽見金賽夏提議以網格故障為由，拐神祕女為了修理網格而現身的計策後，立刻通知局長。局長聽到金賽夏的提議，便召開了一次緊急會議，商量抓神祕女的方法。宋語真趁著眾長官都在的機會，提出要公開通緝神秘女，讓全民一同逮人。但蔡鍾意在會議上又提了不切實際的建議，以至於崔仙蔚要金賽夏等人全數離開會議室。
軍方發現狙擊手被殺，低調將屍體運走。鄭清晨趕來，見現場被包圍，謊稱是老闆娘女兒，立刻被負責指揮的少校識破，將她囚禁了起來。崔仙蔚發現鄭清晨正在查案，立刻調出鄭清晨資料來看，見她是宋語真的前妻，懷疑事情和宋語真有關，找宋語真算帳。宋語真卻說兩人早已離婚多年，沒連繫了。
鄭清晨獲釋後，第一時間又回現場，鄰居告訴她，當晚除了老闆娘外，另有一人受傷，讓鄭清晨大感意外。被神秘女囚禁的金成祿，想方設法逃出後，又被神秘女以倒轉時間的方式，繼續囚禁。鄭清晨得知自己即將調職到偏遠鄉下去，乾脆提休假，私下去查案。
崔仙蔚副局長發現金賽夏偷偷進入自己辦公室，懷疑他動機不單純，但看他似乎只是倒垃圾和洗保溫杯，倒也沒多想，不知道金賽夏已經偷偷掉包保溫杯，拿去找鄭清晨幫忙製造假掌印，好潛入十三樓的房間內找線索。
鄭清晨一度懷疑金賽夏的目的，不願幫忙，最後還是被金賽夏說服，替他製造假掌印，讓他通過辨識系統進入十三樓順利拿走資料檔案。金賽夏假裝要開車外出，在外面竄改了監視器畫面，成功騙過了負責監控監視器的人，沒被發現。
金賽夏猜到鄭清晨報告中所寫的女子，就是自己單位一直在找尋的人，便立即將此事報告崔副局長。崔副局長要求金賽夏刪除紀錄，並帶金賽夏等人來警局接收所有查案資料。
但此時鄭清晨正在國科搜拿神秘女子的DNA鑑定報告，知道對方似乎是個死人的事實。鄭清晨不願將拿到的資料交給金賽夏和宋語真，拚命逃著，最後仍不得已將資料交出。而國科搜的檢驗人員，同樣被要求封口，讓對方神色凝重起來。
2005年，太陽風暴侵襲地球，幸好早在一年前就有人做了一種叫網格的程式，在各國的通力合作下，整個地球包上了網格防護網，免除了地球毀滅危機。只是那個做了防護網的人卻不知去向，從此人間蒸發。
太陽風暴席捲當下，韓國通訊全斷，甚至還停了電，讓民眾相當驚慌。金賽夏正在工廠工作的母親，因無法和兒子取得連繫而焦急。而當時鄭清晨正在操場和同學上體育課，老師和同學們見到天有異相，急忙逃回教室，晚了一步的鄭清晨以為自己會沒命，但幸好大家全都平安無事。
2023韓劇 (47)
